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灵芝孢子是灵芝在发育后期产生释放来的种子，是灵芝的精华。灵芝孢子粉在自然条件下非常难收集，1吨灵芝大约能收集50到100公斤孢子，极其稀少珍贵。
灵芝孢子有一层极难被人体胃酸消化的几丁质构成的外壁，不破壁的孢子粉人体无法消化吸收，只有打开这层外壁，由外壁紧裹的有效成分才能 程度地被人体利用吸收。破壁后人体对灵芝孢子粉的吸收率可提高45倍之多。破壁孢子粉比不破壁孢子粉具有更强的体外毒杀癌细胞的活性。
灵芝孢子破壁的技术有生物酶解法、化学法、物理法等。效果较好的不破坏孢子有效成份的是超低温物理破壁技术。
研究人员统计了 2005 年至 2015 年间的灵芝保健食品共343 种, 其中胶囊是最常见的制剂, 70%的灵芝保健品制作成了胶囊, 其次是冲剂、片剂和颗粒。在制作灵芝保健品的原料中, 常见的有孢子粉、孢子油、子实体、子实体提取物、菌丝体, 有单方也有复方。88%的灵芝保健品是单方, 其中以孢子粉为原料的灵芝保健占单方灵芝的 40%, 其次是子实体提取物、子实体和孢子油, 分别占 26%、17%、13%。复方的灵芝保健品有多种, 有灵芝不同原料间和混合, 也有与其他中药材等的配方, 在灵芝原料复方中, 以灵芝提取物和孢子粉的混合最为常见。在灵芝保健功能方面, 灵芝保健品申请的功能有 11 种, 有单一功能也有双功能, 其中 85%的灵芝保健品申请了增强免疫的功能, 其余的还有辅助保护化学性肝损伤、缓解体力疲劳、改善睡眠等。
灵芝有上百种。古代典籍常将灵芝分为青、赤、黄、白、黑、紫等六类，其是以外观形态和颜色特征为主、性味与功效为辅，作为分类的依据，然而这样的分类方式并不明确，很容易造成科学研究时原料采用的混淆。
在东西方科学家的共同努力下，科学界已明确定义出“何谓灵芝？”并且建立了灵芝的分类依据。在现今科学家最常采用Alexopolous（1996年）的分类系统里，灵芝属于：
真菌界（Myceteae）：真菌是一群不同于植物和动物、具有细胞结构（细胞核+细胞壁+细胞质）的生物，其共同特征包括:1.它不能像植物一般，靠光合作用自行制造养分，而必须分解动物残体或腐朽植物作为生长来源。2.经常形成菌丝体。
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